Stacja jest wyposażona w system akwaryjny i baseny hodowlane z obiegiem wody morskiej. Daje to możliwość prowadzenia długotrwałych badań w warunkach jak najbardziej zbliżonych do naturalnych. To właśnie tutaj prowadzone są badania nad reakcją fauny i flory na zmienne warunki hydrologiczne, wpływem zanieczyszczeń na ich kondycję zdrowotną, wzrost i zdolności reprodukcyjne. Takie możliwości pozwoliły m.in. na rozpoczęcie projektu mającego na celu reintrodukcję fok szarych w polskich wodach Bałtyku.
Stacja Morska pełni także funkcję edukacyjną. Studenci z całej Europy i USA przyjeżdżają tutaj, aby uczyć się biologii i ekologii morza. Szkoła jest również popularna wśród szkół wszystkich szczebli, oferując lekcje i kursy z zakresu ekologii morza i biologii organizmów morskich. Za swoje działania edukacyjne Stacja Morska otrzymała tytuł „Promotora Ekologii” w 2003 roku.
Każdego roku około 400 tysięcy gości odwiedza Fokarium – centrum badań, rozrodu i rehabilitacji fok szarych. Goście mogą obserwować życie stada fok, a ich zainteresowanie wzrasta szczególnie podczas narodzin młodych lub ich uwolnienia do środowiska naturalnego.
Aktualnie, Stacja Morska intensywnie rozwija badania nad morświnami – jedynym gatunkiem waleni zamieszkującym Bałtyk. Dzięki dziesięciu nowoczesnym podwodnym detektorom dźwięku (POD), naukowcy mogą zgłębiać wiedzę na temat tych zwierząt, które do tej pory były badane jedynie przez najbardziej renomowane ośrodki badań ssaków morskich.